La licencia por enfermedad común es un derecho del trabajador en Ecuador cuando una enfermedad no laboral le impide cumplir con su jornada. Aunque parece un trámite sencillo, los detalles del certificado médico, los días que paga el empleador y los días que paga el IESS suelen generar dudas en empresas y trabajadores. Esta guía 2026 explica todos los aspectos prácticos, con ejemplos basados en el SBU vigente de $482.
¿Qué es la licencia por enfermedad en Ecuador?
La licencia por enfermedad es el permiso obligatorio remunerado que el empleador debe conceder al trabajador cuando un médico certifica que su estado de salud le impide trabajar. Está regulada por el Código del Trabajo (Art. 42, numeral 19) y la Ley de Seguridad Social, que establece el subsidio que paga el IESS desde el cuarto día.
Es importante diferenciar entre enfermedad común y enfermedad profesional. La enfermedad común es la que no tiene relación con el trabajo (gripe, fractura por accidente fuera del trabajo, cirugía electiva). La enfermedad profesional es causada por el trabajo y tiene cobertura especial de Riesgos del Trabajo del IESS, como vimos en una guía anterior.
¿Cuántos días puede tomar el trabajador por enfermedad?
El número de días que el trabajador puede ausentarse por enfermedad lo determina el certificado médico, no la empresa. El médico tratante prescribe el reposo según la patología. El IESS valida estos certificados a través de la «Calificación de Aptitud Médica».
| Período | Quien paga | % del sueldo |
|---|---|---|
| Días 1 al 3 | Empleador | 100% (50% según jurisprudencia, ver nota) |
| Día 4 hasta el día 70 (10 semanas) | IESS | 75% del sueldo |
| Día 71 hasta el día 365 | IESS | 66% del sueldo |
| Después de 1 año | Tribunal Médico evalúa | Posible pensión por invalidez |
Nota sobre días 1-3: En la práctica más común, el empleador paga el 100% del sueldo durante los primeros 3 días por aplicación del Art. 42 numeral 19. Algunas empresas y jurisprudencias aplican un esquema del 50% basado en interpretaciones más restrictivas, pero la práctica generalizada es el pago completo.
Certificado médico: requisitos para que el IESS lo reconozca
Para que la licencia por enfermedad genere subsidio del IESS desde el día 4, el certificado médico debe cumplir requisitos específicos:
- Emitido por un médico con registro vigente en el ACESS (Agencia de Aseguramiento de la Calidad de los Servicios de Salud) o por un médico del IESS.
- Diagnóstico claro con código CIE-10 (Clasificación Internacional de Enfermedades).
- Días de reposo prescritos, con fecha de inicio y fecha de retorno.
- Firma, sello y número de RUC del médico tratante.
- Validación del IESS: El certificado debe ser cargado en el portal del IESS por el trabajador o el médico para su validación.
Si el certificado no cumple estos requisitos, el IESS puede rechazar el subsidio y el empleador no está obligado a pagar más allá del día 3. Por eso es clave que el trabajador presente certificados de profesionales registrados, no de consultorios sin acreditación.
Trámite de la licencia por enfermedad paso a paso
Paso 1: Atención médica y certificado
El trabajador acude al IESS, a una clínica privada o al servicio médico de la empresa (si lo tiene). El médico evalúa, diagnostica y, si es necesario, prescribe reposo con un certificado médico que cumple los requisitos descritos.
Paso 2: Notificación al empleador
El trabajador notifica al empleador la incapacidad lo antes posible (idealmente el primer día). La notificación puede ser por llamada, mensaje o correo. Al regresar al trabajo o dentro de los 3 días siguientes, debe entregar el certificado médico original.
Paso 3: Carga en el portal IESS
Para que el subsidio se active desde el día 4, el certificado médico debe ser cargado en el portal del IESS (www.iess.gob.ec). Si lo emitió un médico del IESS, la carga es automática. Si lo emitió un médico privado, el trabajador o el propio médico debe subirlo.
Paso 4: Cálculo del subsidio
El IESS calcula el subsidio según los días aprobados y el sueldo aportado en los últimos meses. Lo deposita directamente en la cuenta bancaria del afiliado.
Paso 5: Empleador no descuenta los días
El empleador no descuenta los días aprobados del rol de pagos. Pasa el subsidio del IESS por fuera del rol y registra la incapacidad en el sistema de talento humano para mantener la trazabilidad.
Ejemplo práctico de cálculo
Supongamos un trabajador con sueldo mensual de $800 que se enferma 14 días continuos:
- Sueldo diario: $800 / 30 = $26.67
- Días 1 al 3: Empleador paga 100% = $26.67 × 3 = $80.01
- Días 4 al 14 (11 días): IESS paga 75% = $26.67 × 0.75 × 11 = $220.03
- Total recibido por el trabajador: $80.01 + $220.03 = $300.04
- Sueldo perdido: $26.67 × 14 – $300.04 = $73.34 (porque del día 4 en adelante recibe 75% no 100%)
Para mitigar la diferencia entre el 100% y el 75% del subsidio del IESS, algunas empresas pagan un complemento (la diferencia hasta llegar al 100%) como un beneficio voluntario. Si el reglamento interno o el convenio colectivo lo establece, esa práctica es legalmente válida.
Derechos durante la licencia por enfermedad
Mientras dure la licencia, el trabajador conserva todos sus derechos:
- Estabilidad laboral: No puede ser despedido por enfermedad (Art. 174 Código del Trabajo). Si lo despiden durante la incapacidad, es despido intempestivo agravado.
- Aportes IESS continuos: El empleador continúa pagando el aporte patronal del 11.15% sobre el sueldo nominal aunque no se pague el 100% del sueldo. El aporte personal del 9.45% se descuenta del subsidio del IESS.
- Computables para décimos y vacaciones: Los días de licencia por enfermedad cuentan como tiempo de servicio efectivo para el cálculo de décimos, vacaciones y antigüedad.
- Reincorporación al mismo cargo: Al alta médica, el trabajador regresa al mismo puesto con el mismo sueldo y condiciones.
Diferencias entre licencia por enfermedad común y profesional
| Aspecto | Enfermedad Común | Enfermedad Profesional |
|---|---|---|
| Origen | No laboral | Causada por el trabajo |
| Mínimo de imposiciones IESS | 6 imposiciones de los últimos 12 meses | No requiere mínimo |
| Subsidio | 75% del sueldo | 75% (10 semanas), luego 66% |
| Indemnización empleador | No aplica | Sí, si hubo culpa |
Errores comunes con la licencia por enfermedad
El error más frecuente es no cargar el certificado médico en el IESS. Si el certificado no está cargado, el subsidio del IESS no se activa y el empleador termina pagando los 14 días al 100% (o descontándolos al trabajador, lo que abre una contingencia laboral). Cargar el certificado es responsabilidad del trabajador o del médico, pero el área de RRHH debe hacer seguimiento.
Un segundo error es aceptar certificados de centros sin acreditación ACESS. Si el certificado lo emite un médico no registrado o un consultorio sin licencia, el IESS lo rechaza y el caso queda sin cobertura. La verificación de la acreditación se puede hacer en el portal del ACESS.
Un tercer error es despedir o sancionar al trabajador con incapacidad. Esta práctica genera demanda por despido intempestivo agravado y es de las más fáciles de demostrar para el trabajador. El sistema de talento humano debe alertar al empleador cuando un trabajador tenga incapacidad activa, para evitar acciones disciplinarias improcedentes durante ese período.
Estos errores ocurren cuando la licencia se gestiona por fuera del sistema de nómina, en correos sueltos o en hojas de Excel del jefe inmediato. Tener la licencia integrada al expediente del empleado, con el certificado médico digitalizado y con cálculo automático del subsidio del IESS, evita la fricción y la contingencia legal.
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Preguntas Frecuentes
¿Cuántos días paga el empleador por enfermedad en Ecuador?
En Ecuador, el empleador paga los primeros 3 días de enfermedad común con el 100% del sueldo del trabajador (según la práctica más común basada en el Art. 42 numeral 19 del Código del Trabajo). Desde el día 4 hasta el día 70, el IESS paga el subsidio equivalente al 75% del sueldo. Desde el día 71 al 365, el IESS paga el 66%. El empleador no descuenta los días posteriores al 3 del rol porque los cubre el IESS.
¿Cuánto paga el IESS por enfermedad común en Ecuador?
El IESS en Ecuador paga subsidio por enfermedad común equivalente al 75% del sueldo del trabajador desde el día 4 hasta el día 70 (10 semanas) y 66% desde el día 71 hasta el día 365. Para tener derecho, el trabajador debe acreditar 6 imposiciones de los últimos 12 meses al IESS. El subsidio se deposita en la cuenta bancaria del afiliado registrada en el portal www.iess.gob.ec.
¿Qué requisitos debe cumplir el certificado médico en Ecuador para que sea válido?
El certificado médico para licencia por enfermedad en Ecuador debe ser emitido por un médico con registro vigente en el ACESS o del IESS, contener el diagnóstico con código CIE-10, los días de reposo con fecha de inicio y retorno, la firma y sello del médico, y debe ser cargado en el portal del IESS. Sin estos requisitos, el IESS rechaza el subsidio y el empleador no está obligado a pagar más allá del día 3.
¿Puede el empleador despedir a un trabajador en licencia médica en Ecuador?
No, el empleador en Ecuador no puede despedir a un trabajador durante la licencia por enfermedad. El Art. 174 del Código del Trabajo lo prohíbe explícitamente y, si lo hace, el despido es intempestivo agravado. El trabajador tiene derecho a la indemnización del Art. 188 más bonificación por desahucio del 25% más posibles indemnizaciones adicionales. Tampoco puede sancionar disciplinariamente al trabajador por una incapacidad legítima.
¿La licencia por enfermedad cuenta como tiempo de servicio en Ecuador?
Sí, en Ecuador los días de licencia por enfermedad debidamente certificados cuentan como tiempo de servicio efectivo para el cálculo de décimo tercero, décimo cuarto, vacaciones, fondos de reserva (desde el mes 13) y antigüedad. El empleador continúa aportando al IESS el 11.15% patronal sobre el sueldo nominal durante la incapacidad, manteniendo así la continuidad de los derechos del trabajador.
